En 1774, el mariquiteño Francisco Antonio Moreno y Escandón presentó un plan de estudios revolucionario que amenazaba la posición de los dominicos en los colegios. Este plan, aprobado por el virrey Manuel de Guirior, buscaba desterrar los métodos de enseñanza escolásticos y peripatéticos, que según Moreno y Escandón, eran la causa del atraso y desórdenes literarios.
A pesar de las presiones de los dominicos, la reforma produjo una verdadera revolución en la educación. Sin embargo, seis años más tarde, el plan fue suspendido. A pesar de esto, las ciencias naturales comenzaron a infiltrarse en los cursos de filosofía, gracias a la academia de Popayán y al filósofo antioqueño José Félix de Restrepo.
La influencia de la colección de libros de ciencias naturales de Mutis, alabada por Alexander von Humboldt en su visita al país en 1801, fue crucial en la formación de una elite científica que tuvo un papel preponderante en las luchas de independencia. Entre los científicos más destacados, se encuentran Francisco José de Caldas, Francisco Antonio Zea, Luis María Cabal, Jorge Tadeo Lozano, José I. de Pombo, José María Carbonell, y José Joaquín Camacho.
Aunque la reforma de Moreno y Escandón fue suspendida, su impacto fue trascendental en el desarrollo de las ciencias naturales en Colombia y en la formación de una elite científica que contribuyó significativamente en la independencia del país.
